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Sandbox Physics
从一颗珠子读懂单分子力学

L1 · 第 1 章

珠子一直在晃,怎样用它测力

光镊把珠子拉回光斑中心,分子则把它拉向另一边。只要知道光阱有多硬,珠子偏离中心的距离就是一把力尺。珠子的热运动也有用:它晃动的幅度和恢复的快慢,能帮助我们标定这把尺子。

先把受力方向画清楚

沿水平测量轴向右为正。光阱中心位于 XX,珠心位于 xx,两者都用纳米计。离中心不远时,光阱对珠子的力近似为 Ftrap=ktrap(X−x)F_{\rm trap}=k_{\rm trap}(X-x),刚度的单位是皮牛每纳米。珠子在中心左侧,光阱便向右拉。

分子连接在珠子左侧时,静止珠子的左右两股力相等。没有分子时,平均位置回到光阱中心。力标定先在这个简单状态下做,才容易认清后来多出来的那股分子力。

1  pN=10−12  N,1  nm=10−9  m1\;\mathrm{pN}=10^{-12}\;\mathrm{N},\qquad 1\;\mathrm{nm}=10^{-9}\;\mathrm{m}
生物分子的典型机械信号很小。长度、刚度与能量使用同一套单位,后面的数值才能直接相乘。

对应阅读:Wang et al. · Lang et al.

水没有让珠子安静下来

水分子不停撞击珠子,珠子也因水的阻力迅速失去速度。这里关注毫秒尺度的位置,忽略更短时间的惯性:给定一股力,珠子的平均速度由力除以拖曳系数决定。热碰撞让位置围绕平均值随机起伏。

光阱中心附近的势能是一只碗,珠子越偏,势能越高。热平衡时,一个二次型位置自由度平均储存半份热能。写成方差关系,就能从位置散布反推刚度。这里 kBk_B 是 Boltzmann 常数,TT 是绝对温度。

U=12ktrap(x−X)2,⟨(x−X)2⟩=kBTktrapU=\frac12 k_{\rm trap}(x-X)^2,\qquad \left\langle(x-X)^2\right\rangle=\frac{k_BT}{k_{\rm trap}}
平均值需要足够长、已达平衡的记录。探测器应当能保留相关的热涨落;过慢的探测器会低估方差。

对应阅读:M. Ribezzi-Crivellari & F. Ritort

完整算例:从十纳米的晃动开始

在约室温条件下取 kBT=4.11  pN nmk_BT=4.11\;\mathrm{pN\,nm}。一颗自由珠子的真实位置标准差是 10.0  nm10.0\;\mathrm{nm},方差就是 100  nm2100\;\mathrm{nm^2}。用热能除以方差,得到刚度 0.0411  pN nm−10.0411\;\mathrm{pN\,nm^{-1}}。

随后接上分子,平均珠位向左偏离中心 40.0  nm40.0\;\mathrm{nm}。若光阱仍在线性范围内,平衡张力就是 1.64  pN1.64\;\mathrm{pN}。先问刚度在接分子前后是否相同,再做乘法;激光功率、珠子高度或探测灵敏度改变,都需要重新检查。

对应阅读:Wang et al.

记录多久才算“很多次”

连续两个采样点往往来自同一次还没结束的晃动。珠子偏离中心后,平均偏离按指数衰减,特征时间为拖曳系数除以刚度。把采样率加倍,并不会自动获得两倍的独立信息。

粗略估计不确定度时,可以把长记录切成比弛豫时间长得多的区段,比较各段估计。换一颗珠子或一次标定带来的整体误差,则不会因同一条记录更长而消失。下一章连接 DNA 后,珠子会感到第二只弹簧,涨落也要重新解释。

τ=γktrap,C(t)=⟨δx2⟩e−∣t∣/τ\tau=\frac{\gamma}{k_{\rm trap}},\qquad C(t)=\left\langle\delta x^2\right\rangle e^{-|t|/\tau}
拖曳系数用皮牛毫秒每纳米计,弛豫时间便是毫秒。这里是无限均匀流体中的线性、过阻尼近似;邻近表面会改变拖曳。

对应阅读:Lang et al. · M. Ribezzi-Crivellari & F. Ritort

动手检验预测

先观察没有分子的珠子

  1. 预测光阱更硬时珠子会晃得更大还是更小。只改变光阱刚度,比较位置记录与功率谱。
  2. 保留自由珠子的几何;这次练习不把 DNA 添进原装置。记下标定方法,再进入下一章的连接分子实验。

练习与解释性答案

  1. 探测器把位置标准差从真实的十纳米抹成八纳米。直接使用均分关系,会把光阱刚度估高还是估低?

    展开解释

    会估高。方差从一百变成六十四平方纳米;同一热能除以更小的数,刚度估计成为真实值的一点五六倍。延长记录只能减少随机波动,补不回被滤掉的频率。

  2. 把连接分子的珠子误当成自由珠子标定,会发生什么?

    展开解释

    分子也提供恢复力,珠子晃得更小。用自由珠子公式会把分子的局部刚度算进光阱刚度;第三章会推导这两种刚度怎样同时进入不同测量。

来源与计算范围

  1. Wang et al., Stretching DNA with Optical Tweezers, Biophysical Journal 72, 1335–1346 (1997)

    图 1 给出表面、DNA 与珠子的几何;弹性分析区分熵弹性和链本身的拉伸。这里采用共线、不可伸长的教学模型,自选参数并生成合成记录,没有数字化论文实验点。

  2. Lang et al., An Automated Two-Dimensional Optical Force Clamp for Single Molecule Studies, Biophysical Journal 83, 491–501 (2002)

    装置与反馈部分说明外加负载、珠子响应和探测器响应为什么需要分开。展开与马达实验采用理想给定力控制,没有模拟整套反馈仪器。

  3. M. Ribezzi-Crivellari & F. Ritort, Force Spectroscopy with Dual-Trap Optical Tweezers: Molecular Stiffness Measurements and Coupled Fluctuations Analysis, Biophysical Journal 103(9), 1919–1928 (2012)

    双阱装置的方差分析,以及未对齐时不同方向涨落的耦合。这里保留单珠共线运动和局部谐振分子弹性,并单独定义探测器响应。

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