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Sandbox Physics
活性物质 · 边学边做实验

L3 · 第 6 章

从一幅取向图算出周围的流动

活性细棒会沿自身方向施加应力。应力从一个地方到另一个地方发生变化,就会给流体净作用力;压力、黏性和底面摩擦再与它平衡,决定低雷诺数流动。取向图与流线必须沿着这一条计算关系相接。

用两个数保存一根无头尾的轴

取一个对称、迹为零的二维矩阵。指向角决定两个独立分量,标量有序度表示排列有多整齐。把所有细棒掉头,矩阵不变。这里约定完全有序时标量为一,水平排列的对角分量则为二分之一。

有些论文把二分之一吸收到有序度定义中。比较活性参数前,应先对齐定义;下面的推导固定使用这个约定。

Q=S(nn−12I)=S2(cos⁡2θsin⁡2θsin⁡2θ−cos⁡2θ)Q=S\left(\mathbf n\mathbf n-\frac12I\right)=\frac S2\begin{pmatrix}\cos2\theta&\sin2\theta\\\sin2\theta&-\cos2\theta\end{pmatrix}

应力在空间里变化,才给体内净作用力

约定活性应力等于负的活性系数乘向列张量,正活性系数表示伸展型。周期区域里的均匀取向产生均匀应力,应力的散度为零,便没有体内净作用力。取向弯曲或有序度改变,才会出现应力梯度。

压力随之调节,流体不会在某处凭空挤紧。黏性抵抗速度梯度,底面摩擦抵抗速度本身。这就是带屏蔽的 Stokes 方程:每个时刻直接平衡受力,不保留流体加速度。摩擦是这里为教学模型增加的物理项,与 Giomi 2015 年论文的无底面摩擦背景有别。

σija=−ζQij,fi=∂jσija,−∇p+η∇2u−Γu+f=0,∇⋅u=0\sigma^{\rm a}_{ij}=-\zeta Q_{ij},\quad f_i=\partial_j\sigma^{\rm a}_{ij},\qquad -\nabla p+\eta\nabla^2\mathbf u-\Gamma\mathbf u+\mathbf f=0,\quad\nabla\cdot\mathbf u=0

压力拿走了沿波矢的那部分力

傅里叶模式就是方向和波长已知的正弦图案,空间求导可以换成乘上对应波矢分量。把力拆成平行波矢和垂直波矢两部分,压力抵消前者,只剩后者驱动不可压缩速度。

把剩下的力除以“黏度乘波数平方,再加摩擦”,就得到速度的幅度和相位。周期模型没有外加净通流时,把零波数的平均速度设为零。

u^(k)=(I−kkT∣k∣2)f^(k)η∣k∣2+Γ(k≠0)\widehat{\mathbf u}(\mathbf k)=\frac{\left(I-\frac{\mathbf k\mathbf k^{\mathsf T}}{|\mathbf k|^2}\right)\widehat{\mathbf f}(\mathbf k)}{\eta|\mathbf k|^2+\Gamma}\quad(\mathbf k\ne0)

完整例题

用一条正弦波逐步查到底

令非对角取向分量沿竖直方向按正弦变化,对角分量为零。应力散度给出沿水平方向、幅度按余弦变化的力。力与竖直波矢正交,压力不会把它抵消。

在一致的无量纲单位中,活性系数取 2,取向幅度取 0.1,黏度、摩擦和波数都取 1,水平速度幅度就是负 0.1。改变活性正负,流向反转;活性为零,流动消失。这个带符号的例子同时检验应力符号、求导和速度幅度。

网格导数只是连续导数的近似,要比较逐步加密的结果。配套基准保存了分辨率 16、32、64 相对连续解的误差。误差随加密下降,检验的是力到速度这一步,无须靠缺陷看起来“走得对”来判断。

Qxy=Asin⁡(ky),Qxx=0,ux=−ζAkηk2+Γcos⁡(ky),uy=0Q_{xy}=A\sin(ky),\quad Q_{xx}=0,\qquad u_x=-\frac{\zeta Ak}{\eta k^2+\Gamma}\cos(ky),\quad u_y=0

再让细棒回应流动

动态向列场还需要一条演化方程。局部松弛让有序度趋向有限值,弹性抹平太急的空间变化,平流搬运图案,局部旋转带着取向转动,流动对齐还会让细棒偏向伸展方向。取向和流动就这样彼此影响。

浏览器模型按写明的最小松弛、平流、旋转和对齐规律演化两个取向分量,再从同一场的活性应力重新求流动。它是带摩擦的小型周期连续场模型,参数取无量纲教学值。生物组织的定量预测还需要测量对应材料系数。

缺陷轨迹从演化的取向场检测而来。正半整数纹理的不对称允许定向运动;理想负半整数纹理具有三重对称。多缺陷环境里,两者也会受邻居和整体平流影响。要区分自推进与被流场带走,先在受控初态中比较。

带着问题动手

先预测,再改变,最后解释

  1. 初始取向固定时,活性符号反转会怎样改变起初的流向?
  2. 用同一缺陷图案重置,比较伸展型和收缩型,再增大摩擦。
  3. 沿“取向变化—应力梯度—横向流动”解释一处变化,同时查看保存的场和检测轨迹。

这些 Lab 生成粒子或连续场的合成记录,页面模型说明列出实际动力学和单位。

试着自己解释

1. 周期区域里,均匀但很大的活性应力一定产生流动吗?

展开答案与解释

不一定。体内作用力来自应力散度,均匀应力的散度为零。有实体边界时,还需要另算边界牵引。

2. 某个力模式完全平行于自身波矢,不可压缩速度是多少?

展开答案与解释

这个模式的速度为零,压力平衡了全部纵向力。对力应用横向投影,也会直接得到零。

可以放在旁边读的来源

  1. Giomi, Geometry and topology of turbulence in active nematics, arXiv:1409.1555v2 (2015), Physical Review X 5, 031003

    方程(1)、第 I.2 节和图 2 提供连续场模型与活性长度背景。本站用人为指定的可解场检验流动计算,与论文的湍流模拟分开。

  2. Serra, Lemma, Giomi, Dogic & Mahadevan, Defect-mediated dynamics of coherent structures in active nematics, Nature Physics 19, 1355–1361 (2023)

    图 1 和方程(1)至(3)介绍流映射与有限时间拉伸;图 2 使用微管与驱动蛋白实验的速度场。这里作阅读引导,不复制图片,也未导入实验数据。

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